1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tgatatatctttgattgctgaacttgtcgaatgattttagatctagtatgtggctgtaaattagttatcttcatatttagtccctcttctctgtttcaggTTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAAGGGAGAGATGAAGCTGGAAAGCCAAGTTTTTCTTCAATAGAAAGAAGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G04910.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTTTGACCGTGATGTTGAATGCATCTTTAAGTTTTTCAGGAAAAGG TTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAAEST: gi|120532159|gb|EH260292.1|EH260292
genomic: TACTTTGACCGTGATGTTGAATGCATCTTTAAGTTTTTCAGGAAAAGGtaggtttttt ... ctgtttcaggTTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAA
EST: TACTTTGACCGTGATGTTGAATGCATCTTTAAGTTTTTCAGGAAAAGG TTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAA
genomic: TACTTTGACCGTGATGTTGAATGCATCTTTAAGTTTTTCAGGAAAAGGtaggtttttt ... ctgtttcaggTTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAA
gtatgtggctgtaaattagttatcttcatatttagtccctcttctctgtttcaggTTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAAGGGAGAGATGAAGCTGGAAAGCCAAGTTTTTCTTCAATAGAAAGAAGTG
tttagtccctcttctc CT-rich tract
taaattagttatcttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgatatatctttgattgctgaacttgtcgaatgattttagatctagtatgtggctgtaaattagttatcttcatatttagtccctcttctctgtttcaggTTCAATCTTTCTTTTCAAGAAAGCATAGATGATATTGATGGTTCTGATGAAGGGAGAGATGAAGCTGGAAAGCCAAGTTTTTCTTCAATAGAAAGAAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - -tgctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgt