Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttctgatcttatcacttttgttatgtaaagtgggaaagtgacatttcaataaattttatttgtttattaccacagTTAAACAATTTGGAGCTAGCAGTTAATCTTGCCAAGCGAGGAAATCTTCCTGGTGCTGAGAAACTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G02960.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G02960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G057576_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtatgtttctgatcttat-cacttttgttatgtaaagtgggaaagtgacatttcaataaattttatttg-------tttattaccacagTTAAACAATTTGGAGCTAGCAGTTAATCTTGCCAAGCGAGGAAATCTTCCTGGTGCTGAGAAACTG
       | ||||||| | ||||| ||   | ||   ||   |  ||    || ||||| | || ||         |||  ||   ||| | |||||  | ||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||
------gtatgatcttttacacttctgg-gtctactttgctgatctgcttgttaaataattctttttaaacacaattttggtat-gcagCTGAACAACCTTGAGCTTGCTGTTAATCTTGCCAAGAGAGCAAATCTTCCTGGTGCAGAGAACTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgtaaagtgggaaagtgacatttcaataaattttatttgtttattaccacagTTAAACAATTTGGAGCTAGCAGTTAATCTTGCCAAGCGAGGAAATCTTCCTGGTGCTGAGAAACTG
              aaagtgacatttcaat  TA-rich tract