1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtatgcatattgataaactttcactctgtcattacagttctttgtattcgggacacatcctcgtctcatacaatttatttttaatgttgaaagGTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGATTTAAGAGCATTATTGAGATCAATGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G07040.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGGAACATGGAATGGGAAGAAAGCTGACAATGATTTTTATAAAAAGATT GTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGATEST: gi|208120354|gb|GD918819.1|GD918819
genomic: GTGGAACATGGAATGGGAAGAAAGCTGACAATGATTTTTATAAAAAGATTgtatgcatat ... atgttgaaagGTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGAT
EST: GTGGAACATGGAATGGGAAGAAAGCTGACAATGATTTTTATAAAAAGATT GTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGAT
genomic: GTGGAACATGGAATGGGAAGAAAGCTGACAATGATTTTTATAAAAAGATTgtatgcatat ... atgttgaaagGTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGAT
tctttgtattcgggacacatcctcgtctcatacaatttatttttaatgttgaaagGTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGATTTAAGAGCATTATTGAGATCAATGCAG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tcatacaatttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcatattgataaactttcactctgtcattacagttctttgtattcgggacacatcctcgtctcatacaatttatttttaatgttgaaagGTGGATGCTTATGAGTCAAAAAATCAAGAACTGATGGCAGAGAATGCTGATTTAAGAGCATTATTGAGATCAATGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA