1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...taagagaaagtcatttttgacacatatattgtccagtcctaaaataatagctgttagcgtattacatccttaataaatggttatgttgattctcggacagGGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTTAGAGGAGGCTAGAGATCGTTGGGAGAGGCATGGAATCAAAGTGGTAGTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G30160.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTTTACAATATGAGCTAGAGGTTGAAAGAAAAGCCCTGTCCATGGCCAG GGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTTEST: gi|298185541|gb|HO030754.1|HO030754
genomic: CGTTTACAATATGAGCTAGAGGTTGAAAGAAAAGCCCTGTCCATGGCCAGgtaaaatcat ... tctcggacagGGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTT
EST: CGTTTACAATATGAGCTAGAGGTTGAAAGAAAAGCCCTGTCCATGGCCAG GGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTT
genomic: CGTTTACAATATGAGCTAGAGGTTGAAAGAAAAGCCCTGTCCATGGCCAGgtaaaatcat ... tctcggacagGGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTT
aatagctgttagcgtattacatccttaataaatggttatgttgattctcggacagGGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTTAGAGGAGGCTAGAGATCGTTGGGAGAGGCATGGAATCAAAGTGGTAGTT
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttctc CT-rich tract
ttaataaatggttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taagagaaagtcatttttgacacatatattgtccagtcctaaaataatagctgttagcgtattacatccttaataaatggttatgttgattctcggacagGGCTTGGGCAGAGGACGAGGCCAAACGAGTGAGAGAGCAAGCAATAGCCTTAGAGGAGGCTAGAGATCGTTGGGAGAGGCATGGAATCAAAGTGGTAGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
-aagagaaa
- - - - - - - - -tgacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - ccagtcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgat