Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaagaacttgctattgttgtttgtgcatgtatacatacatataccttgcagtttgctttgaaggaaaaaactaatatttgtttcaatatgtatagATCAATATGAAAGGTTTAGATGGCATCCAAGGACCAATATATGTGGGAACTGGGTGTGTCTTCAGGAGGCAGGCATTTTATGGATGTGATGCCCCTACTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G28080.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G28080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G840940_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaagtaagaacttgctattgttgtttgtgcatgtatacatacatataccttgcagtttgctttgaaggaaaaaactaatatttgtttcaatatgtatagATCAATATGAAAGGTTTAGATGGCATCCAAGGACCAATATATGTGGGAACTGGGTGTGTCTTCAGGAGGCAGGCATTTTATGGATGTGATGCCCCTACTT
||| ||| |  | ||   |  || |   |  || |  |   | | ||       ||| | ||    | |      | | ||| |  |||  | | |  |||| || ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || || || || ||||| | ||||||||| ||| 
gtatgtatgg-catgaattcattctaactttatctgaa---agacattgaagatagtattctgaacaagtttctgc-attatctacttc--tctttgcagATTAACATGAAAGGTCTTGATGGGATCCAAGGACCAATATATGTTGGGACTGGTTGTGTTTTCAGAAGACATGCTTTGTATGGTTATGATGCCCCAACTG

upper sequence: GLYMA16G28080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv18s0072g00370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtaagtaagaacttgctattgttgtttg-tgcatgtatacatacatat-accttgcagtttgctttgaaggaaaaaactaatatttg--tttcaat-atgtatagATCAATATGAAAGGTTTAGATGGCATCCAAGGACCAATATATGTGGGAACTGGGTGTGTCTTCAGGAGGCAGGCATTTTATGGATGTGATGCCCCTACTT
||| |||||    | |  |     |||| | ||   || || | || | |  ||| |   |  ||    |   ||| ||||| |||   ||||||| |   | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||| ||||||||||    
gtacgtaaggcactccagtgtgaatttgatacaatgatgcacagatgtgaatttgtaaaat-tttgattgaggaaagctaattttttgttttcaattaaaaacagATCAATATGAAAGGTTTGGATGGGATCCAGGGACCAATTTATGTTGGAACTGGCTGTGTCTTCAGACGGCAGGCACTCTATGGATATGATGCCCCTGTCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataccttgcagtttgctttgaaggaaaaaactaatatttgtttcaatatgtatagATCAATATGAAAGGTTTAGATGGCATCCAAGGACCAATATATGTGGGAACTGGGTGTGTCTTCAGGAGGCAGGCATTTTATGGATGTGATGCCCCTACTT
                            aactaat  putative branch site (score: 2)
                        aaaaaactaatatttg  TA-rich tract