1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gttcaagttgcatggagcatcttagtccatagactttattatgaacgacctcttattttggctttctttgttttgcttttttccccccttcaatatccagGAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGTTTTTTAACATTCCCCTTTGCAAGAGAGCAGTTCCCTTACCTAGCAATAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G25190.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAGTATTCAACACAAATACATATGTGAGAAAGTCTTTGATCTACTAAAG GAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGTEST: gi|31457057|gb|CD399085.1|CD399085
genomic: CAAGTATTCAACACAAATACATATGTGAGAAAGTCTTTGATCTACTAAAGgtatgtcttg ... caatatccagGAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGT
EST: CAAGTATTCAACACAAATACATATGTGAGAAAGTCTTTGATCTACTAAAG GAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGT
genomic: CAAGTATTCAACACAAATACATATGTGAGAAAGTCTTTGATCTACTAAAGgtatgtcttg ... caatatccagGAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGT
cgacctcttattttggctttctttgttttgcttttttccccccttcaatatccagGAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGTTTTTTAACATTCCCCTTTGCAAGAGAGCAGTTCCCTTACCTAGCAATAT
ttattttggctttctt CT-rich tract
tcttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcaagttgcatggagcatcttagtccatagactttattatgaacgacctcttattttggctttctttgttttgcttttttccccccttcaatatccagGAAGCTTGGAACAAATTCAACTCAGAAGAGCGATAGCACACACTGTTCTGTTTTTTAACATTCCCCTTTGCAAGAGAGCAGTTCCCTTACCTAGCAATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgaac