Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtaaatatggaagtgtgtgtttcttagttgtctggcttcttgttgtgtcgttccactgcacattcatgttagcagtttctgaaacaattttcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATGTGAAATGACAAGAAGCGTTCAACAACAGGATTTGGCATTGCTACTTTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G19350.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G19350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g55140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-----------------gtaaatatggaagt---gtgtgtttcttagttgtctggcttcttgttgtgtcgttccactgcacattcatgt--tagca-gtttctgaaaca----attttcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATGTGAAATGACAAGAAGCGTTCAACAACAGGATTTGGCATTGCTACTTTAG
                  ||   ||| || |   |       |  ||     || ||    || |   | ||  | |  |  |  | |   |  || | |  || | |       ||    || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||  || ||  |||| || |||||||||||  |  | || ||||| ||| |  | ||  | |
gtaaatttaccactttattatgaatgaaattcaagcaaaacacacagccacatg-ctctaggtaggcacatttgaataaagttgtaagcagtgacatgctaatggagcctcatgcttgtatttgcagTTTGTGGATGAGAAGGTGCAGTGGATGCACATTGACATGGCCGGGCCAGTGTGGAACGACAAGAAGCGGGCGGCCACCGGATTCGGCGTCTCCACCCTGG

upper sequence: GLYMA16G19350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G043893_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtaaatatggaagtgtgtgtttcttagttgtctggcttcttgttgtgtcgttccactgcac--attcatgtta-gcagtttctgaaacaattttccc--ttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATGTGAAATGACAAGAAGCGTTCAACAACAGGATTTGGCATTGCTACTTTAG
||| | |  ||     |   |||  | |||   |      | ||     | | |  || |   | |  ||||  |   |        |  || | |   || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  ||  |  | || |   ||||||||||  |    || || || ||  |  | ||  | |
gtacagagagagcaacgaccttcg-atttgcacgaacctatattaatatgctgctttgaattgactgctgttgtgttctgctctgttctgttctgcgtgttgcagTTTGTCGATGACAAGGTTCAGTGGATGCACATCGACATCGCCGGCACGGTCTGGAGCAACAAGAAGCGGGCGGGTACTGGCTTCGGAGTCACCACCCTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208163607|gb|GD963219.1|GD963219
EST:     GGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGACTAGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: GGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGG-CT-GCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193718663|gb|FK652619.1|FK652619
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|21601604|gb|BQ611935.1|BQ611935
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|7030141|gb|AW459924.1|AW459924
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGGTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193326372|gb|FK289369.1|FK289369
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193631239|gb|FK583700.1|FK583700
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|208294766|gb|GE094753.1|GE094753
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193446139|gb|FK412264.1|FK412264
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|208308069|gb|GE105045.1|GE105045
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193450338|gb|FK413956.1|FK413956
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|208229724|gb|GE026075.1|GE026075
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGCTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|193710703|gb|FK644661.1|FK644661
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|208068449|gb|GD862295.1|GD862295
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|208106078|gb|GD905075.1|GD905075
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
EST: gi|207816373|gb|GD786682.1|GD786682
EST:     CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAG                         TTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG
genomic: CTGGTGGTCGACAAGGTGCTGCTATTGTGGCTGCTCTCTTCTTAAAACAGgtttgcacta ... tcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtcgttccactgcacattcatgttagcagtttctgaaacaattttcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATGTGAAATGACAAGAAGCGTTCAACAACAGGATTTGGCATTGCTACTTTAG
                                          ttttcccttac  CT-rich tract
                                    aaacaatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatatggaagtgtgtgtttcttagttgtctggcttcttgttgtgtcgttccactgcacattcatgttagcagtttctgaaacaattttcccttacagTTTGTTGATGAAAAGGTTCAATGGATGCACATTGACATGGTTGGTCCTATGTGAAATGACAAGAAGCGTTCAACAACAGGATTTGGCATTGCTACTTTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - tggcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtttctg