Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgcaaatttcttgtgtaattcttaagatttgtgagctcatccaatcttagtatctctgactgtttaaattgattttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGCACAACTCATCTTGTTTTCAACGATGATATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G08460.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15813658|gb|BI785933.1|BI785933
EST:     AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
EST: gi|19348065|gb|BM892597.1|BM892597
EST:     GTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: GTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
EST: gi|19453158|gb|BM954568.1|BM954568
EST:     AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
EST: gi|14990386|gb|BI316059.1|BI316059
EST:     AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
EST: gi|19053118|gb|BM731785.1|BM731785
EST:     AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
EST: gi|6341574|gb|AW164398.1|AW164398
EST:     AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAG                         TTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC
genomic: AGTTCATGACTGCTGTCAAGCAAAACTATGGAGAAAAAGTTCTTATTCAGgttgcaaatt ... ttttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtgagctcatccaatcttagtatctctgactgtttaaattgattttgtgcagTTTGAAGATTTTGCAAACCACAATGCTTTTGAATTGCTTGCAAAATATGGCACAACTCATCTTGTTTTCAACGATGATATTCAG
                                 tgtttaaattgatttt  TA-rich tract