Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccgctctcatttcataacatgactaaatattagtcttttgaattgaagatagcttctttctttctgaagagcaactactctttgcatattttctttccttattgttagattgctgattccaaaattgcagcacctccaactaattgtatatgcatttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTCACCGTTAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGTTCCCGTTGCGTGAAGCCAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G04240.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G04240.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ28889 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtccgctctcatttcataacatgactaaatattagtcttttgaattgaagatagcttctttctttctgaagagcaactactctttgcatattttctttccttattgttagatt--gctgattccaaaattgcagcacctccaactaattgtatatgcatttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTCACCGTTAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGTTCCCGTTGCGTGAAGCCAC
                                                                                                         ||  ||||  || ||||||| || ||       || ||     |  ||   | |||  |  |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||| |||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| || || |||||||
---------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaggatttggcagattccataactga------tctaatc---tacattgtcctttttcgccagAGAAACGACATGGTTGAGTACTTCGGTGAGCAGCTGCAAGGTTTTGCTTTCACCGTCAACGGATGGGTACAGTCCTACGGATCCCGGTGTGTAAAGCCAC

upper sequence: GLYMA16G04240.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ05611 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtccgctctcatttcataacatgactaaatattagtcttttgaattgaagatagcttctttctttctgaagagcaactactctttgcatattttctttccttattgttagatt--gctgattccaaaattgcagcacctccaactaattgtatatgcatttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTCACCGTTAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGTTCCCGTTGCGTGAAGCCAC
                                                                                                         ||  ||||  || ||||||| |  ||       || ||     |  ||   | |||  |  |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||  ||| ||||| |||||||| || || ||||| || ||||| || ||||| || || |||||||
---------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaggatttggcagattccatagctga------tctaatc---tacattgtcctttttcgccagAGAAACGACATGGTTGAGTACTTCGGTGAGCAGCTGCAAGGTTTTGCTTTCACCGTCAACGGATGGGTACAGTCCTACGGATCCCGGTGTGTAAAGCCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16347878|gb|BI973473.1|BI973473
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|8284103|gb|BE021662.1|BE021662
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|16280509|gb|BI943999.1|BI943999
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|15202980|gb|BI425748.1|BI425748
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|17023962|gb|BM094996.1|BM094996
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|15814294|gb|BI786569.1|BI786569
EST:     GAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: GAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|22523589|gb|BU082400.1|BU082400
EST:     AACTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAGCAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|14258702|gb|BG881610.1|BG881610
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|4288308|gb|AI441314.1|AI441314
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGT
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGT
EST: gi|7591269|gb|AW707005.1|AW707005
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|16105053|gb|BI892793.1|BI892793
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGCTGAGTACTTCGGTGAAACAATTG-CAGGCTTTGCCTT
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAA-CAATTGTCAGGCTTTGCCTT
EST: gi|18041431|gb|BM309725.1|BM309725
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|254348827|gb|GR852506.1|GR852506
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|24135434|gb|BU925944.1|BU925944
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|4313430|gb|AI460549.1|AI460549
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|23728244|gb|BU762169.1|BU762169
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|24205191|gb|BU964444.1|BU964444
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|13251775|gb|BG362678.1|BG362678
EST:     TCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: TCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|193642594|gb|FK593320.1|FK593320
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAGATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|192333042|gb|FK024691.1|FK024691
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTCGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|17519789|gb|BM188831.1|BM188831
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|20812366|gb|BQ296844.1|BQ296844
EST:     AACTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAGCAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|19348633|gb|BM893165.1|BM893165
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|192333296|gb|FK026177.1|FK026177
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTG
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTG
EST: gi|213615221|gb|DB965029.1|DB965029
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|14125661|gb|BG790099.1|BG790099
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|6667321|gb|AW278772.1|AW278772
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|9258931|gb|BE347078.1|BE347078
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|7640038|gb|AW734347.1|AW734347
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|21995196|gb|BQ786724.1|BQ786724
EST:     AACTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAGCAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|26268981|gb|CA820044.1|CA820044
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|26048227|gb|CA784768.1|CA784768
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|21889394|gb|BQ742607.1|BQ742607
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|22522526|gb|BU081337.1|BU081337
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|254331711|gb|GR843561.1|GR843561
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|15814229|gb|BI786504.1|BI786504
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|22525578|gb|BU084389.1|BU084389
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|21888982|gb|BQ742195.1|BQ742195
EST:     GAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: GAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|9204626|gb|BE330850.1|BE330850
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|15286907|gb|BI470798.1|BI470798
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|26048073|gb|CA784670.1|CA784670
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|7588477|gb|AW704334.1|AW704334
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|13252819|gb|BG363722.1|BG363722
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACATTTGTCAGGCTTTGCC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCC
EST: gi|8283323|gb|BE020884.1|BE020884
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|9820119|gb|BE555629.1|BE555629
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|20207546|gb|BQ133635.1|BQ133635
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTC
EST: gi|13477481|gb|BG507350.1|BG507350
EST:     AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAG                         AGAAATGATATGGTTGAGTACTTCCGTGAACAATTTGT-AGGCTTTGCCTT
genomic: AGCTTCAAGAAGAGCTTGATATTGATGTTCTTGTTCATGGAGAACCAGAGgtccgctctc ... ttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATT-GTCAGGCTTTGCCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgattccaaaattgcagcacctccaactaattgtatatgcatttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTCACCGTTAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGTTCCCGTTGCGTGAAGCCAC
                           aactaat  putative branch site (score: 2)
                                            tttcact  putative PPT
                           aactaattgtatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtccgctctcatttcataacatgactaaatattagtcttttgaattgaagatagcttctttctttctgaagagcaactactctttgcatattttctttccttattgttagattgctgattccaaaattgcagcacctccaactaattgtatatgcatttcactgcagAGAAATGATATGGTTGAGTACTTCGGTGAACAATTGTCAGGCTTTGCCTTCACCGTTAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGTTCCCGTTGCGTGAAGCCAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC