1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtagacatatgaaagtttttctttaaactttttggtaccttctttgattgaatgtggcatgtaattttgcagGACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGAGCAAAGAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G05410.5 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCGAAGCAACTTGATGACTGGATGTTTCCTGCTAATTGCAGGATTTTAG GACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAEST: gi|254336541|gb|GR842720.1|GR842720
genomic: GTCGAAGCAACTTGATGACTGGATGTTTCCTGCTAATTGCAGGATTTTAGgtagacatat ... aattttgcagGACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
EST: TGATGACTGGATGTTT-CTGCTAATTGCAGGATTTTAG GACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
genomic: TGATGACTGGATGTTTCCTGCTAATTGCAGGATTTTAGgtagacatat ... aattttgcagGACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGA
tttctttaaactttttggtaccttctttgattgaatgtggcatgtaattttgcagGACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGAGCAAAGAAGAG
ctttgat putative branch site (score: 5)
ttaaacttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagacatatgaaagtttttctttaaactttttggtaccttctttgattgaatgtggcatgtaattttgcagGACTAAAGCAGAACCTCCAATCTACTATTTGCCTAACAAGCCCTTGGATGAAGATCCTACATTACTTGAGAAGAGCAAAGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG