Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaactctttatctctttattgttttgcaatttagaattttatatttcatatcttgtcaaaacaagaggttctatttgttggggaaaagttggaagaagaaattgttgaaatgatgtagaatctgtgttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTGCCTTTCCCCATTGCAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G18950.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G18950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtaaactctttatctctttattgttttgcaatttagaattttatatttcatatcttgtcaaaacaagaggttctatttgttggggaaaagttggaagaagaaattgttgaaatgatgtagaatctgtgttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTGCCTTTCCCCATTGCAAAG
                                                             ||     ||| || |||  |      |||||  || | |   |    | | |  |   || ||   ||  | | |||||||  || |||| ||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
-----------------------------------------------------------gtaatttctggtcctcttttctc-----aagttataatatggtgt----ggatttttactgactccaagtgcacttcagGCAGCAGTAATGTATGACACGATCCGTGAATGGCCTCGTTATGTGAAAGTGCCTTTCCCAATTGCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209703803|gb|BW670712.1|BW670712
EST:     TGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: TGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|58018297|gb|CX705039.1|CX705039
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|213595511|gb|DB977919.1|DB977919
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTTGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|308222711|gb|HO760621.1|HO760621
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|209718616|gb|BW662708.1|BW662708
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|58015889|gb|CX702631.1|CX702631
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|254347888|gb|GR854137.1|GR854137
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|58016827|gb|CX703569.1|CX703569
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|58015071|gb|CX701813.1|CX701813
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|209714365|gb|BW677065.1|BW677065
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|192301727|gb|FG997641.1|FG997641
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|192316340|gb|FK011685.1|FK011685
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|192327146|gb|FK015538.1|FK015538
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|208207915|gb|GE002908.1|GE002908
EST:     TGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: TGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|192316341|gb|FK011686.1|FK011686
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|254323287|gb|GR840092.1|GR840092
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
EST: gi|8669762|gb|BE190869.1|BE190869
EST:     GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTG                         GCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG
genomic: GAAAAATTTATGAACTGGGTGGTCCAGAGATCTTTACTGTGCATGAATTGgtaaactctt ... ttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaaaagttggaagaagaaattgttgaaatgatgtagaatctgtgttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTGCCTTTCCCCATTGCAAAG
                                           tgttaat  putative branch site (score: 3)
              aagaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaactctttatctctttattgttttgcaatttagaattttatatttcatatcttgtcaaaacaagaggttctatttgttggggaaaagttggaagaagaaattgttgaaatgatgtagaatctgtgttaattgcagGCAGACGTTATGTTTGATACAATTCGAGAATGGCCTCGATATGTGAAGGTGCCTTTCCCCATTGCAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG