1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaaagtatttttttttctttttataccaatggatattaaatacaatttccttgtatcaaatgttgtgccttggatgttgtattacatttctgaaaagaggttatgcatgtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGTTTTCTGCAGAAGACGGCACTGTACCTGCAACATTCCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G37130.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|6846254|gb|AW348544.1|AW348544
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|254345258|gb|GR855808.1|GR855808
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|192297062|gb|FG990333.1|FG990333
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|26057334|gb|CA800248.1|CA800248
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|15200173|gb|BI424211.1|BI424211
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|6071750|gb|AW101137.1|AW101137
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|15285724|gb|BI469615.1|BI469615
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: GGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|208246428|gb|GE050242.1|GE050242
genomic: GGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|51335049|gb|CO978915.1|CO978915
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGEST: gi|192299412|gb|FG992530.1|FG992530
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
EST: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAAT ATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
genomic: AACATCTCCGTGCAATGGGTGAAACAAATGCTCTTTATCAAATGAACAATgtaaagtatt ... gtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATG
tgtgccttggatgttgtattacatttctgaaaagaggttatgcatgtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGTTTTCTGCAGAAGACGGCACTGTACCTGCAACATTCCAG
tattacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagtatttttttttctttttataccaatggatattaaatacaatttccttgtatcaaatgttgtgccttggatgttgtattacatttctgaaaagaggttatgcatgtatgaacagATCCTAAAGAGGGACACAGCGTTAGCAACTGCAGCTATTTATGATTCAATGTTTTCTGCAGAAGACGGCACTGTACCTGCAACATTCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG