Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgtgtttcagggaaaacatttttgctgcccccattttatacagttgaactaataaatatggcttttgatcagGTTTGCATCTATGAGGAGCATTCCTGCATATGAGAATGCTATGAAAGACTGCTTTGAACGTTGTTTGGATTTGTATTTATGTCCTCGAGTTCGGAAAAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G28910.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193395956|gb|FK361375.1|FK361375
EST:     TCTTATCAATTGATGTTTGAGGAAGACCGCCCTAAGTTTATTCCTAAAAG                         GTTTGCATCTATGAGGAGCATTCCTGCATATGAGAATGCTATGAAAGACTG
genomic: TCTTATCAATTGATGTTTGAGGAAGACCGCCCTAAGTTTATTCCTAAAAGgtactgtgtt ... ttttgatcagGTTTGCATCTATGAGGAGCATTCCTGCATATGAGAATGCTATGAAAGACTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttttgctgcccccattttatacagttgaactaataaatatggcttttgatcagGTTTGCATCTATGAGGAGCATTCCTGCATATGAGAATGCTATGAAAGACTGCTTTGAACGTTGTTTGGATTTGTATTTATGTCCTCGAGTTCGGAAAAAA
                             aactaat  putative branch site (score: 2)
                                            ctttt  putative PPT
               attttatacagttgaa  TA-rich tract