Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattacatttctattccttctcataaattatgtgtccatgccacctctttcagctaacacacagtactatgaaattgcatagGATGATGGAATTGAAGTTAGACATGGGGCACTAGGTCTTCGGCAGCTGGGGATAGCAGCAACACACTGCAAACTTGAGCCTTTGGTTGCAAATTTTATGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G09390.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18040684|gb|BM308978.1|BM308978
EST:     GAGAGAAGAAGTTCCAAAAGAAACCTTTGAAGTTTTACCCCATTGACATG                         GATGATGGAATTGAAGTTAGACATGGGGCACTAGGTCTTCGGCAGCTGGGG
genomic: GAGAGAAGAAGTTCCAAAAGAAACCTTTGAAGTTTTACCCCATTGACATGgtacattaca ... aattgcatagGATGATGGAATTGAAGTTAGACATGGGGCACTAGGTCTTCGGCAGCTGGGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatgtgtccatgccacctctttcagctaacacacagtactatgaaattgcatagGATGATGGAATTGAAGTTAGACATGGGGCACTAGGTCTTCGGCAGCTGGGGATAGCAGCAACACACTGCAAACTTGAGCCTTTGGTTGCAAATTTTATGA
                        agctaac  putative branch site (score: 2)
                                        tatgaaatt  TA-rich tract