1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...gtcatgttttctttgaattggtagatattaatttctacatgacatcttaatataattggtcaatgggtaacagttgcttaactgttgctgcttttaatagGGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G31810.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATTTACCTGAGGAGATGAGGAACCCTACTACCTTCAAAT GGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCTEST: gi|51342536|gb|CO983519.1|CO983519
genomic: CTATTTACCTGAGGAGATGAGGAACCCTACTACCTTCAAATgtaattctct ... cttttaatagGGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
EST: CTATTTACCTGAGGAGATGAGGAACCCTACTACCTTCAAAT GGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
genomic: CTATTTACCTGAGGAGATGAGGAACCCTACTACCTTCAAATgtaattctct ... cttttaatagGGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
cttaatataattggtcaatgggtaacagttgcttaactgttgctgcttttaatagGGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
gcttaac putative branch site (score: 3)
ctgctttt putative PPT
ttttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcatgttttctttgaattggtagatattaatttctacatgacatcttaatataattggtcaatgggtaacagttgcttaactgttgctgcttttaatagGGATGCTGCAGAATCCACAGTACCGTCAACAACTTGAAGAAATGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
-tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgttgc