Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggttttcgtgtttgttgtctgctgttgctctgtctgtgtgtgtgtgtaatactaaactagctgttatttcttcattttgttttcacttttcaatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGTCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G11960.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G11960.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT4G34640.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
-------------------------------------------------------ggttttcgtgtttgttgtctgctgttgctc-tgtctgtgtgtgtgtgtaata-ctaaactagctgt-tatttcttcattttgttt--tcacttttcaatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGTCCAAG
                                                       |            ||| |||  | ||      |    || |   ||||| || |||  ||   | | |      | || | | |     ||| |  | | | ||||| | ||||| ||||| ||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |  ||| || || | |||
gtaagatgttaagccttagaaattatgtaggccaatccctaatttctatttatgagaaaggaaaacccgttatcttttattatcaacgagcttgagaacgtgtagtagctagccttattatctgaaggctaatatcgctgaacaactatctattgtttagGTCTTACTGCTAAAGTCATTGATCGTACAAAGACAATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTATGATTTTTCCTGCATGCTGAAGACAAAG

upper sequence: GLYMA11G11960.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv03s0038g00450.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
ggttttcgtgtttgttgtctgctgttgctctgtctgtgtgtgtgtgtaatactaaactagctgttatttcttcattttgttt--tcacttttcaatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGTCCAAG
 ||  |     ||| | |    | ||  |    |     |  | ||   |  ||| || |   |||  |||   |    |||  |   || |   ||| ||||| | ||||||||||| |||||| |||| |   | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| || ||||||||
-gtcctttaccttgatataattttttttttgagcaaacagaatatgccgtgttaa-ctggtgtttaactctcggtccactttggtggtttgtttttttctagGTCTTACTGCCAAAGTTATTGACAGAACAAAAGCGATGTCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTCGATTTTTCTTGTATGCTGAAGTCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17153400|gb|BM143333.1|BM143333
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|7478069|gb|AW666124.1|AW666124
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGGTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|209714967|gb|BW650813.1|BW650813
EST:     TCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: TCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|9899890|gb|BE608858.1|BE608858
EST:     ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|120491021|gb|EH219188.1|EH219188
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|22930235|gb|BU547374.1|BU547374
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|58014892|gb|CX701634.1|CX701634
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|208337947|gb|GE133887.1|GE133887
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|209726038|gb|BW672761.1|BW672761
EST:     TAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: TAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|208340738|gb|GE133674.1|GE133674
EST:     ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATGCTACAATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
EST: gi|9899883|gb|BE608851.1|BE608851
EST:     ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAG                         GTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG
genomic: ATAACATTGAGGTCTTCAGAGGTGTAGTTAAAATGAGGCGAGgtaagagcaa ... caatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaatactaaactagctgttatttcttcattttgttttcacttttcaatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGTCCAAG
    tactaaa  putative branch site (score: 1)
                  ttatttcttcattttg  putative PPT
                  ttatttcttcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggttttcgtgtttgttgtctgctgttgctctgtctgtgtgtgtgtgtaatactaaactagctgttatttcttcattttgttttcacttttcaatttatagGTTTAACTGCCAAAGTGATTGACCGAACTACGACTATGGCTGATGTCTATGGTGCTTTCTTTGATTTTGCTTCTATGTTGGAGTCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - tgttgtc
- - - - - - - - - - -ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - - - -gtctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctagctg