Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttcttctttgccttagtttatcatggtgtcctatattatcttcttcagggttccctgatttttgttcttgctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATTCGAGACCATCAAGCTGACTTCCTTCGCCTGATAAATGAACCTGCAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G42180.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15285661|gb|BI469552.1|BI469552
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACATTATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
EST: gi|10709284|gb|BF009008.1|BF009008
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
EST: gi|12690109|gb|BG156445.1|BG156445
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
EST: gi|151401292|gb|EV271106.1|EV271106
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
EST: gi|24205755|gb|BU965008.1|BU965008
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
EST: gi|15663984|gb|BI701355.1|BI701355
EST:     TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTGCAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttct ... gctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtgtcctatattatcttcttcagggttccctgatttttgttcttgctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATTCGAGACCATCAAGCTGACTTCCTTCGCCTGATAAATGAACCTGCAGAAG
                            ccctgat  putative branch site (score: 4)
                                  tttttgttcttgct  CT-rich tract
       tatattatcttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttcttctttgccttagtttatcatggtgtcctatattatcttcttcagggttccctgatttttgttcttgctactgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCCCATCTAATGAGATTGATTCGAGACCATCAAGCTGACTTCCTTCGCCTGATAAATGAACCTGCAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG