1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...cctgaattagatacctgacatgcaacacattttcagattactgtgattagtttataaacctactatctatactcatgattataatactttaaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACTCTACACATCTGCTCGTTTGAAGAAGGGAGAAGTTTTGTATTTGGAGACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G31960.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATG GATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACTEST: gi|254344049|gb|GR850959.1|GR850959
genomic: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATGgtacgcaagt ... aaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACT
EST: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATG GATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACTEST: gi|17963267|gb|BM270018.1|BM270018
genomic: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATGgtacgcaagt ... aaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACT
EST: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATG GATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACT
genomic: AGATTTGTTCGAGAAGTCACAATACAGTACAATCTCTGCAATGAGCCATGgtacgcaagt ... aaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACT
attagtttataaacctactatctatactcatgattataatactttaaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACTCTACACATCTGCTCGTTTGAAGAAGGGAGAAGTTTTGTATTTGGAGACA
tatactcatgattata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctgaattagatacctgacatgcaacacattttcagattactgtgattagtttataaacctactatctatactcatgattataatactttaaattgtcagGATAAAATATAGTATAAGCACTGTCGCGGACAAGGGTTTAAAAAAGCCACTCTACACATCTGCTCGTTTGAAGAAGGGAGAAGTTTTGTATTTGGAGACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
cctgaat
- - - - - - -cctgaca
- - - - - - - - - - - -aacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tactgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcatga