Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttgccactctaaatttggtgattgttgttgtattcggcgaatgacaaacacaaatcagagagttacttctcttagtgggttaatgctgaatttgatttgcattccagcaattgttattaatcatgctgttagccattctagaaatatgttggcttttctacatttcttcttctcattatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAATGCAAAAACACCTGGGGGAGTTACGAGTGCAAATGCAAAAGTGGTTTGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G41070.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20812568|gb|BQ297046.1|BQ297046
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|6724792|gb|AW309191.1|AW309191
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|208177331|gb|GD973924.1|GD973924
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|51341493|gb|CO982810.1|CO982810
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|254344698|gb|GR851288.1|GR851288
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|16347036|gb|BI972631.1|BI972631
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|254344697|gb|GR851287.1|GR851287
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|10255066|gb|BE822832.1|BE822832
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
EST: gi|151407222|gb|EV277037.1|EV277037
EST:     TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAG                         ATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT
genomic: TTGTACATGTCCACCTGGGTTCAGAGGTGATGGAGTCCAGTCATGTGAAGgtacttgcca ... tatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccattctagaaatatgttggcttttctacatttcttcttctcattatgttgcagATATCGATGAGTGCAACGAGAAAACATCCTGTCAATGCCCAGGTTGCAAATGCAAAAACACCTGGGGGAGTTACGAGTGCAAATGCAAAAGTGGTTTGTT
                     cttttctacatttctt  CT-rich tract
       tagaaatat  TA-rich tract