1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagtcctggtcataatatattcaaatttttaattcctccctattgtggcatcttctaatatcttgttaatttatattgagaatgccagcaaattttgtcttcactgcatactgcaatgtatacattgcacctgatctcttttctattttcttgtatagGTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACAAAGAAGGTAGAGGGAAGTCCTCCTGATGGCATGGAGTTGAAGAAATGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G23980.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATATCAAGATGCAGATGAGGATACA-GAAGAGCAATGAAAAAGTCATTT GTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACAEST: gi|10710261|gb|BF009985.1|BF009985
genomic: TATATCAAGATGCAGATGAGGATACAAGAAGAGCAATGAAAAAGTCATTTgtaagtcctg ... tcttgtatagGTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACA
EST: ATATCAAGATGCAGATGAGGATACAAGAAGAGCAATGAAAAAGTCATTT GTAGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACA
genomic: ATATCAAGATGCAGATGAGGATACAAGAAGAGCAATGAAAAAGTCATTTgtaagtcctg ... tcttgtatagGTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACA
ctgcatactgcaatgtatacattgcacctgatctcttttctattttcttgtatagGTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACAAAGAAGGTAGAGGGAAGTCCTCCTGATGGCATGGAGTTGAAGAAATGGG
acctgat putative branch site (score: 4)
cctgatctcttttcta CT-rich tract
ttttctattttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtcctggtcataatatattcaaatttttaattcctccctattgtggcatcttctaatatcttgttaatttatattgagaatgccagcaaattttgtcttcactgcatactgcaatgtatacattgcacctgatctcttttctattttcttgtatagGTTGAGTCTAATGGGACAGTTCTGTCTACAAACTGGAAAGAAGTGGGAACAAAGAAGGTAGAGGGAAGTCCTCCTGATGGCATGGAGTTGAAGAAATGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA