Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgggtacttacatttgagatatgaacatatggaaggattttaaaataattttagaggagaattatatagttttgttctctttcagGAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAATGGATACCCTCAACTATGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G34790.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208132723|gb|GD931216.1|GD931216
EST:     ACAGGAGAGGTTCCATCAGATATCAACAACCTTACAAACATCAATGAATT                         GAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAAT
genomic: ACAGGAGAGGTTCCATCAGATATCAACAACCTTACAAACATCAATGAATTgtgggtactt ... tctctttcagGAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAAT
EST: gi|208272069|gb|GE070993.1|GE070993
EST:     ACAGGAGAGGTTCCATCAGATATCAACAACCTTACAAACATCAATGAATT                         GAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAAT
genomic: ACAGGAGAGGTTCCATCAGATATCAACAACCTTACAAACATCAATGAATTgtgggtactt ... tctctttcagGAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggaaggattttaaaataattttagaggagaattatatagttttgttctctttcagGAATTTAGCACATAACAAATTCATAGGTCCTTTGCCTGACTTAACTGGAATGGATACCCTCAACTATGT
                                       ttttgttctctttc  CT-rich tract
      attttaaaataatttt  TA-rich tract