Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttttaatttcttctttggcttggtagtgtatgttctgtttttatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCTGTTGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G32090.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254335594|gb|GR847122.1|GR847122
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|120494681|gb|EH222848.1|EH222848
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|192313583|gb|FK004165.1|FK004165
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGG
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGG
EST: gi|22929333|gb|BU546472.1|BU546472
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|192313582|gb|FK004164.1|FK004164
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|51336342|gb|CO980208.1|CO980208
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254335595|gb|GR847123.1|GR847123
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|193456982|gb|FK422748.1|FK422748
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|7692091|gb|AW760206.1|AW760206
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|193539115|gb|FK496433.1|FK496433
EST:     AAATATTGCAG                         CCTATGCTACAGGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: AAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|208171585|gb|GD971926.1|GD971926
EST:     GTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: GTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|120494767|gb|EH222934.1|EH222934
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttttaat ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttctgtttttatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCTGTTGAAG
                                           cgtttctt  CT-rich tract
      tttttatattctctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttttaatttcttctttggcttggtagtgtatgttctgtttttatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCTGTTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG