Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catgccagcaagttatgttgcatgttcttctgcattggtgcttagtgctgactactaattcaatctgagaaatctgacatattatcatgttatcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCCATCACTGGGCATCGCTTATTGGAACGATATGGCATGACTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G21840.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5760765|gb|AI966128.1|AI966128
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTACAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagacaaa ... tatcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|18039709|gb|BM308003.1|BM308003
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagacaaa ... tatcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCC
EST: gi|208223693|gb|GE020906.1|GE020906
EST:     CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATG                         ATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTGCCTGTTA
genomic: CTGAGCTACAAGCTGCTTCAGTATCTGCTGCAAAGAACTTGCGTCTTATGgtaagacaaa ... tatcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgactactaattcaatctgagaaatctgacatattatcatgttatcattcagATGTGTGGGTCCTCTGCACTTCCACTACCTGTTATGCAAGAATGGGAAGCCATCACTGGGCATCGCTTATTGGAACGATATGGCATGACTGAA
                                 atattatcatgttat  TA-rich tract