1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...taacaaataacataatagagtaaagaattagttgatctattctaaatgcctgttgtaacaacttttcttttgatgccaaaacaatttgttctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGTAGACAGTGGTTTGAAAGTGGAAGAGCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20940.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAA GCTAATGCCAGAGEST: gi|151399149|gb|EV269020.1|EV269020
genomic: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAAgtaagctcct ... ctgattgcagGCTAATGCCAGAG
EST: TTGGCATGGAGGGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAA GCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGEST: gi|151410528|gb|EV280343.1|EV280343
genomic: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAAgtaagctcct ... ctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGG
EST: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAA GCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGEST: gi|192323572|gb|FK015338.1|FK015338
genomic: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAAgtaagctcct ... ctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGG
EST: TGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAA GCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGEST: gi|151408650|gb|EV278458.1|EV278458
genomic: TGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAAgtaagctcct ... ctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGG
EST: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAA GCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGG
genomic: TTGGCATGGAGAGAAAGGTTTGAAGCTGAGCTAGCATTGGAGCGAGCTAAgtaagctcct ... ctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGG
atgcctgttgtaacaacttttcttttgatgccaaaacaatttgttctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGTAGACAGTGGTTTGAAAGTGGAAGAGCG
tttgttct CT-rich tract
aaaacaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taacaaataacataatagagtaaagaattagttgatctattctaaatgcctgttgtaacaacttttcttttgatgccaaaacaatttgttctgattgcagGCTAATGCCAGAGTCTGTGCTCTCAGCTCCTAAGGAAAAGAAGCTCAGTGGTAGACAGTGGTTTGAAAGTGGAAGAGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - -gtaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaaac