Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G17810.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g42320.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
-----------------------------------actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttcct-------tat-----catttctatggttg----acttgattgtccactta---cagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
                                   ||| | |||   |  |  | ||    | ||   ||  |||  |||     |  || | || |        |||     || || ||  ||||    || |  || |   || |   ||| |||||||| || |||||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||| |||||
gtacatagcataccactaatattgtattgtactacactctgttttcctcaatctgatcagaaataaagtggatttgtttacgaggatatcttctttccaaagttgtatgactgcacttgtactgttgttcaacctctttatgtcctcatttcagATACACAGAAGACATGGAGCTTGATGATGCCATCCATACTGCCATTTTGACTCTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G850355_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 8
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattag-ttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
   |      ||| |||   |||   |      || |    |  || | |  | |   ||    | |||  |||    || |    ||  |    ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||| |||| |||||
-agtgtaagatttagagcccattaccacccctgtgtgccataacagatcattctttccttctgatttcacatcttatatttataatatgttttcattgtagATACACAGAGGATATGGAGCTTGATGATGCCATCCACACTGCAATTTTGACTTTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G115948_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttg-attgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
  | |   || |  | ||| | ||| |  |   || ||   || | ||   | || ||| |||     ||   ||| |  | ||| || ||    ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||| |||| |||||
tatctacctcatcagtgattaatgtaaggagcatgtgtgctat-aattgttcatcctttccctctgatttcacatgttatatttgtatggtttcattgtagATACACAGAAGATATGGAGCTTGATGATGCCATCCACACTGCAATTTTGACTTTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G824831_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttg-attgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
  | |   || |  | ||| | ||| |  |   || ||   || | ||   | || ||| |||     ||   ||| |  | ||| || ||    ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||| |||| |||||
tatctacctcatcagtgattaatgtaagcagcatgtgtgctat-aattgttcatcctttccctctgatttcacatgttatatttgtatggtttcattgtagATACACAGAAGATATGGAGCTTGATGATGCCATCCACACTGCAATTTTGACTTTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G085243_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
actttctttctttggagataattgtgattatgt-tgagtttcattag-ttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
   |      ||| |||   |||   |     | || |    |  || | |  | |   ||    | |||  |||    || |    ||  |    ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||| |||| |||||
--gtgtaagatttagagcccattaccaccccctgtgtgccataacagatcatcctttccttctgatttcacatcttatatttataatatgttttcattgtagATACACAGAGGATATGGAGCTTGATGATGCCATCCACACTGCAATTTTGACTTTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G850355_T06 (Zea mays), 3'ss of exon 2
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttc-tatggt-tgacttgat-tgtccac-ttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
 |      |  ||||||| | |  | |  |   || ||  ||| |   | | |    ||||||| | |||||  ||  | |   || || |||   | ||  || |||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||| |||| |||||
-ccactccttgttggagacagtctt-accaccctgtgtgccataa--cagatcattctttccttctgatttcacatcttatattttaatatgttttcattgtagATACACAGAGGATATGGAACTTGATGATGCCATCCACACTGCAATTTTGACTTTGAAAGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G79210.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
actttctttctttggagataattgtgattatg-ttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
                       ||||| ||  || |   |   | || |    |   |   |||   |         || |  | | | |    |  |||||||||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| |||||||||||  ||||||||||
-----------------------gtgataataatttaccatttgtggtgatgagtttatgatcttggaagcatgtcatttcatcttagtctttgat--cagGTACACAGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACGGCAATATTGACATTGAAGGAAGG

upper sequence: GLYMA08G17810.3 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv01s0011g01960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttc--cttatcatttctatg-gttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
  |||| ||             | |  | |  || | |||| ||     | | |   | |   ||||  |     ||    |  |||  || ||||  |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||
-ttttcctttcccattcccttcttttttaacattcaatttcctttccctctctttgatcttaacttaggaggagaatttaatatcttccttttcca--tgtagGTACACTGATGATATGGAACTTGATGATGCTGTCCACACAGCTATTTTGACACTCAAGGAGGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27446035|gb|CA953158.1|CA953158
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGAT
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGAT
EST: gi|193426258|gb|FK389033.1|FK389033
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|13311848|gb|BG405499.1|BG405499
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCA
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCA
EST: gi|15286980|gb|BI470871.1|BI470871
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTG
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTG
EST: gi|193395101|gb|FK360814.1|FK360814
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCCTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|193686811|gb|FK632476.1|FK632476
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|14990436|gb|BI316109.1|BI316109
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|7691886|gb|AW760004.1|AW760004
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|26058340|gb|CA801254.1|CA801254
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|8283306|gb|BE020867.1|BE020867
EST:     TCTGCTTTGGGGAGAAATGGTTCTAATGCAGAGACGTGTCTTGAGAAGAG                         GTACGCAGATGATATGGAGCTTGATGA
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGA
EST: gi|26058444|gb|CA801358.1|CA801358
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACNGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|15815210|gb|BI787485.1|BI787485
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|207792429|gb|GD765049.1|GD765049
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|17023069|gb|BM094103.1|BM094103
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACA
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACA
EST: gi|6567102|gb|AW234729.1|AW234729
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTTATGCCAAGACGTGTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGAT
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGAT
EST: gi|12772095|gb|BG237022.1|BG237022
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACACATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|27424967|gb|CA936487.1|CA936487
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGAT
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGAT
EST: gi|23062603|gb|BU578520.1|BU578520
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC
EST: gi|207746221|gb|GD719669.1|GD719669
EST:     TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAG                         GTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATGTTGAC
genomic: TCTGCTATGGGGAAAAATGTTTCTAATGCAAAGACGTTTCTTGAGAAGAGgtaagctttt ... ccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG
                                            tccactt  CT-rich tract
                 ttatcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actttctttctttggagataattgtgattatgttgagtttcattagttacacctcattttccttatcatttctatggttgacttgattgtccacttacagGTACACAGATGATATGGAGCTTGATGATGCAGTCCACACAGCAATATTGACTCTGAAGGAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA