Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtccctttttctttaaaaacctcagcaattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCATCCCATTCTGAATTTTATGTATTACCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G09640.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G09640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
--------gtc-agtcccttt----ttctttaaaaacctcagcaattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCATCCCATTCTGAATTTTATGTATTACCTG
        ||  | |  ||||    |  || ||| |  | |||  || |||   || |      | | | ||||      | |  || ||||||||  | ||  ||||||||||||| || |||||||||||  || ||||||| |||||||||||  | |||||| ||
gtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagc--ttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttg-cagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCATCCGATTCTGAATTTCTTTTATTACTTG

upper sequence: GLYMA08G09640.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
-------------gtcagtccctttttcttta-aaaacctcagcaattcctgttgcatggttcttaaattga-------gtttgattatat-tgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCATCCCATTCTGAATTTTATGTATTACCTG
                  |   | | |    | | |     | |||||    ||||| |  | | |||   |         || |  || | | |  ||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||  || ||||||| || ||||| ||  | |||||||||
gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14990122|gb|BI315795.1|BI315795
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|192314058|gb|FK008798.1|FK008798
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|254331036|gb|GR842301.1|GR842301
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|105633938|gb|DW247301.1|DW247301
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGT
EST: gi|58024096|gb|CX710837.1|CX710837
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|31460258|gb|CD402226.1|CD402226
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|58023915|gb|CX710656.1|CX710656
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|208285136|gb|GE082926.1|GE082926
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|17022961|gb|BM093995.1|BM093995
EST:     TCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: TCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|57574634|gb|CX547609.1|CX547609
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
EST: gi|15661719|gb|BI699090.1|BI699090
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctcagcaattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCTGCCGACCTTGATGTCTTGTACCATCCCATTCTGAATTTTATGTATTACCTG
                                   gtttgat  putative branch site (score: 5)
                          ttaaattgagtttgat  TA-rich tract