Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctcatagcctatcaatgtgaatgctttatgtatgtgttcagattgatcttttaagggtttatatgattttttcaattaatgtccaagatgtgtttttcagCTATCGTGGTGGGGTAGACAGTGAGGGGCATCCTGTCATGGTTGTTGTAGGGGCCCACTTTTTACTTCGGTGTCTTGATCTGGAGCGATTTGTGCTATAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G35280.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G35280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G69340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
-------------------ctcatagcctatcaatg--tgaatgctttatgtatgtgttcagattgatcttttaagggtttatatgattttttcaattaatgtccaagatgtgtttttcagCTATCGTGGTGGGGTAGACAGTGAGGGGCATCCTGTCATGGTTGTTGTAGGGGCCCACTTTTTACTTCGGTGTCTTGATCTGGAGCGATTTGTGCTATAT
                     | | || |  |  ||  | | | |  | | ||||   |       ||   | | ||    | | ||  ||  |||     || |    |   || ||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || |||
gtatgtccttggttttctttccctcgctttcccttgcataagttcactttatatgcccttgagccaatgcctaatgga---aca-gacattgacaaagcccgttctgttttctttcttcagCTATCGTGGTGGTGTTGACACCGAGGGTCATCCTGTAATGGTTGTTGTAGGAGCTCACTTTTTGCTGCGATGTCTTGATCTGGAGCGTTTTGTACTTTAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttttaagggtttatatgattttttcaattaatgtccaagatgtgtttttcagCTATCGTGGTGGGGTAGACAGTGAGGGGCATCCTGTCATGGTTGTTGTAGGGGCCCACTTTTTACTTCGGTGTCTTGATCTGGAGCGATTTGTGCTATAT
                            aattaat  putative branch site (score: 3)
                                             tgtttttc  putative PPT
            tttatatgattttttc  TA-rich tract