Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcccctttttatttttaattcttagtgattcctgtttgcttgatttcaaaattgagtttgattgtatgttgttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCATCCTATTCTAAACTTCATATATTACCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G28990.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G28990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G14530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
--------------------------------gtgagcccctttttatt--tttaattcttagtgattcctgtttgcttgatttcaaaattga-----------gtttgattgtatgttgttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCATCCTATTCTAAACTTCATATATTACCTG
                                 |   ||   | || ||  || ||||||  ||| ||  ||  |    ||   || |  | |            | | ||  | ||||  ||    ||||||| ||| |||| |||||  |    || || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||
gtaaagatatacacatcatactattgataccattagaccatatcttgttgattgaattctctgtg-ttggtggatctccgaaaccacagctaaccagatctttcatatcatcttctgttaatggtctagATGTGCTTTGATGCGTTTGACGATGCAGCAGATCTTGATGTCTTAGATCATCCAATCCTAAACTTCATATATTACTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151400805|gb|EV270619.1|EV270619
EST:     GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATG                         ATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
genomic: GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATGgtgagcccct ... gttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
EST: gi|209712880|gb|BW679157.1|BW679157
EST:     GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATG                         ATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
genomic: GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATGgtgagcccct ... gttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
EST: gi|193385954|gb|FK351582.1|FK351582
EST:     CCATATGTTTTTTATTGTTTTCTTGTCAGATGCATTATG                         ATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
genomic: CCATATGTTTTTTA-TGTTTTCTTGTCAGATGCATTATGgtgagcccct ... gttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
EST: gi|19936698|gb|BQ080978.1|BQ080978
EST:     GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATG                         ATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT
genomic: GCTATGTGACAACCATATGTTTTTTATGTTTTCTTGTCAGATGCATTATGgtgagcccct ... gttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgattcctgtttgcttgatttcaaaattgagtttgattgtatgttgttgtatcagATGTGTTTTAATGCATTTGATAAAAATGCGGACCTTGATGTCTTGGATCATCCTATTCTAAACTTCATATATTACCTG
                              gtttgat  putative branch site (score: 5)
              ttgatttcaaaatt  TA-rich tract