1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgagttcattgtttatatttaatgattattttctttgaagatcagaatttgataatgcagtaaaatgacacgacacatctttatttagGACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAACAGATGAAGATGCATTCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G47630.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTGACTGGGATAAGGGAAAAGCTGTCACATTTCTACTTGAGTCACTTG GACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAAEST: gi|19938256|gb|BQ081636.1|BQ081636
genomic: GATTGACTGGGATAAGGGAAAAGCTGTCACATTTCTACTTGAGTCACTTGgtgagttcat ... ctttatttagGACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAA
EST: GATTGACTGGGATAAGGGAAAAGCTGTCACATTTCTACTTGAGTCACTTG GACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAA
genomic: GATTGACTGGGATAAGGGAAAAGCTGTCACATTTCTACTTGAGTCACTTGgtgagttcat ... ctttatttagGACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAA
tttgaagatcagaatttgataatgcagtaaaatgacacgacacatctttatttagGACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAACAGATGAAGATGCATTCAAG
atttgat putative branch site (score: 5)
tctttattt putative PPT
aatttgataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttcattgtttatatttaatgattattttctttgaagatcagaatttgataatgcagtaaaatgacacgacacatctttatttagGACTTAACAATTGCGATGACGTGCTAGCTATATATGTTGGAGATGATAGAACAGATGAAGATGCATTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG