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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattataaacccaatcttctgtttctttccactatcattttccttacactgcaagatcctgagagatgaagatagtaggattttactgttttcttacatacatttgattttatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCATGAGGTTACAAAATCATTCTAGATTATTCAATCACCCAACAGGTGACCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G42830.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254345073|gb|GR851449.1|GR851449
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|22523470|gb|BU082281.1|BU082281
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|254340272|gb|GR858397.1|GR858397
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|57574406|gb|CX547381.1|CX547381
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|7693011|gb|AW761110.1|AW761110
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|10253391|gb|BE821157.1|BE821157
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|254320419|gb|GR826868.1|GR826868
EST:     GTATGACAAACGAGTTTCATAATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAAC
genomic: GTATGACAAACGAGTTTCATA-TTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAAC
EST: gi|57574152|gb|CX547127.1|CX547127
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|254340271|gb|GR858396.1|GR858396
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|27425343|gb|CA936863.1|CA936863
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|7030016|gb|AW459799.1|AW459799
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|22523639|gb|BU082450.1|BU082450
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|6952111|gb|AW424179.1|AW424179
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
EST: gi|14999882|gb|BI320696.1|BI320696
EST:     CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG                         TATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA
genomic: CGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAGgtaattataa ... tatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgaagatagtaggattttactgttttcttacatacatttgattttatattacagTATGGCTGGTCTTAATACGGGCAACGTTGGATATGTTGCTGACGCTATCCATGAGGTTACAAAATCATTCTAGATTATTCAATCACCCAACAGGTGACCA
                       ttttcttacatacatt  TA-rich tract