Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgatgctcatactggttgcatttgctaaattgttttgctgtgtgtagcttttgatggtcaagtaatcttaaagggatatatgcatttggctccctttgcagGTCTTATGTGCTTCGGATGAAGGTCCAACCATTGTGGAGCCCTTGCTCCCTCCAGAAGGATCACAGATTGGGGAACGTATTTCTTTTTCTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G14760.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208067423|gb|GD865287.1|GD865287
EST:     TAACAAATGTCAAACCTGGAAAACTACGGGATGTGATGTCTCAAGGATTG                         GTCTTATGTGCTTCGGATGAAGGTCCAACCATTGTGGAGCCCTTGCTCCCT
genomic: TAACAAATGTCAAACCTGGAAAACTACGGGATGTGATGTCTCAAGGATTGgtattgatgc ... ccctttgcagGTCTTATGTGCTTCGGATGAAGGTCCAACCATTGTGGAGCCCTTGCTCCCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttttgatggtcaagtaatcttaaagggatatatgcatttggctccctttgcagGTCTTATGTGCTTCGGATGAAGGTCCAACCATTGTGGAGCCCTTGCTCCCTCCAGAAGGATCACAGATTGGGGAACGTATTTCTTTTTCTGG
  ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                           ctccctttgc  putative PPT
                taatcttaaa  TA-rich tract