Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G09320.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os01g53680.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatact-----atgac----tgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
         |     ||||   || | | | | ||  |     || | |   | | | | |  || |||   | |  | |  | | | ||     |||      |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||                                                           
--------attcacatattcc-tcatgtgaatccatgatgaatttctaacttttttgttttagttatttcattatactgtccttattccttttctatggtaccttgcagGGTTTATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGACGTG-----------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g05860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGC-AATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA-----------------------------------------
              |||| ||  | |||  ||   | || ||      |  || |  || | |   || |    | |||  |  || |    |  |  |  || |       | ||  |  ||| ||  ||       |  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||  | ||||| ||||||                                           
--------------gtatgttcacatctctgt---caagctga----aaacatttatatatatcatttctgtgattttactaaaaaaaaaggggtttaattttctccaattgaggtgagaaactttttttatattttgtcagGATTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCTTTCTATCTGGAAGGTGAAGGTGGCCTTTTTAGATATTTGGAAAAGCGTCTGAAGGAGAATGGTCATATGGTTA

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G879882_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
----------------------taacaattgtaagtgtatttt---atcgtctaagtgcacca--gttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgt----gttatgatgaatact-atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
                      | |  | |||   ||  || |   | |||   |||        |||  ||||    || |  |   |||  || |  |||      | ||||   | ||   |  |||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||                                                           
gtaagtttccctgcatacaaactgaagaatgttcatgctttctcaaagcgtagtagtttcttgttgttttttttttacattttaactatttcattatgttgtccttactgtgatacttccttgcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG-----------------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G132069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCT-TGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA-----------------------------------------
                                        | | |  |     |||  || | || | |||    || |  |   |   | |     ||  |   ||   | ||   ||  |  | |||| || |      |||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||                                         
---------------------------------------gtacgtacgctctgctgattcatcttatgttcg-acgtgagaaaagaagatgttgagccaaatgaaatg--agtgaccgcttccttctgcttgctgcctca-gGACTGTTGCTTAATCCCGGAGTCGCCCTTCTACCTTGAAGGGAAGGGAGGGCTCCTTGAGTTTGTCGAGAGACGGCTCAAGGACAACGGACACATGGTCA

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G080375_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctg--gatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATG-CCACTCT-TGCTAGCAGAGATGT--GGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA-----------------------------------------
                                         ||| || |   ||||   ||   |||  | | |    | | ||   | |  ||   |  ||     |    | ||| || ||||||  | ||| | |  |  |  ||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  | ||                                         
-------------------------------------gtacgctcttaacactctgctaattcattttatgttcaacatgaggaaagaaaaaatatatatag---cgagccaagtgtctgaccactccattctacctgctacctcagGACTGTTGTTTAATCCCGGAGTCACCCTTCTACCTCGAAGGGAAGGGAGGACTCCTCGAGTTCGTCGAGAGGCGGCTCAAGGACAACGGCCACATGGTCA

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT4G32840.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
---------------------taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgctt-ttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
                       | |   |||| || ||   |   |   |   ||  |||  ||| || | ||| |   ||  |    |||  | |  | | |    | |||  |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || | |||
gtaagttcacagaagaatctaggagagcagtaa-tgcatacaaatattagaccacagaagtatcttctttatgatgttactccctacgcttttatctaatcttacagcttctac-actgcagGGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTGGCTAGCCGAGATGTTGACTGCTGTCTGATTCCCGAGTCACCCTTTTACCTTGAAGGCAAAGGAGGGCTCTATGA

upper sequence: GLYMA06G09320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g00520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
------------------------------------------------------------taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgag-gatctggatctttttcttttcctgtgttatgat-gaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
                                                             ||     | | ||  | ||  | |  |   ||  | ||   |||   ||  |||| ||| |     |||||||      |  | | ||   |||  |||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||
gtaacttttacatttatatttgatattcagatttacttaaaagtttttaactgtgtaagtgaagtgaggaacgttgaattattggatttgttgtgcaagcctcttccaagtaatcttgatttccaatttttcctacaaagtatttggatttgatg--tgcagGATTCATTGCGATGTATGCTACACTTGCCAGTCGAGATGTAGACTGTTGTTTGATTCCAGAGTCACCATTCTATCTTGAAGGGAAAGGTGGACTTTTTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7234013|gb|AW569354.1|AW569354
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193528069|gb|FK484691.1|FK484691
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGC
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTA-TTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGC
EST: gi|57576052|gb|CX549023.1|CX549023
EST:     ATGGGACGTTACAGTT                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGTTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: ATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193721856|gb|FK659432.1|FK659432
EST:     AGTNTTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
genomic: AGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGT-Ggtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
EST: gi|208029594|gb|GD831972.1|GD831972
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208174913|gb|GD970372.1|GD970372
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATCGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|7234213|gb|AW569552.1|AW569552
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|207741112|gb|GD717108.1|GD717108
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|193340367|gb|FK307470.1|FK307470
EST:     CATTGGTGTTGTTAAAGTCTAATGGGTACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: CATTGGTGTTG-TAAAG-CTAATGGG-ACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208215427|gb|GE012456.1|GE012456
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|207801521|gb|GD773885.1|GD773885
EST:     AAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208173122|gb|GD970677.1|GD970677
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208254355|gb|GE052105.1|GE052105
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208330911|gb|GE126416.1|GE126416
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
EST: gi|208077070|gb|GD879135.1|GD879135
EST:     AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG                         GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTGgtatgcatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
               tttttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taacaattgtaagtgtattttatcgtctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttcctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGATGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCACCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - -tgcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgctt