Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtccccttttctttaaaaacctcagtgattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgatcatattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCATCCCATTCTGAATTTTATATATTACCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G26630.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G26630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
----gttagtccccttttctttaaaaacctcagtgattcctgttgcatggttcttaaattgagt--ttgatcatattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCATCCCATTCTGAATTTTATATATTACCTG
    ||  ||    |||  ||  |     | |  || |   | |   ||   |   |    | |  |   |       | |  || ||||||||  | ||  ||||||||||||| || |||||||||||  || ||||||| |||||||||||  | |||||| ||
gtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagcttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttg-cagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCATCCGATTCTGAATTTCTTTTATTACTTG

upper sequence: GLYMA05G26630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
-------------gttagtccccttttctttaaaaacctcagtgattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgatcatattatattgtgt----cagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCATCCCATTCTGAATTTTATATATTACCTG
                  |     | |    | | |      | | |  ||||    |||   | ||  || |  | | |  | |   ||| |    ||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||  || ||||||| || ||||| ||  | |||||||||
gaatggaggtataaaagatatgtatctaggaagagaggggtatcaattatgtttgcaggtatgtcaaaggaatccgctgacttaagcatgtatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTCTATTACCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193718027|gb|FK653803.1|FK653803
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgttagtcccc ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT
EST: gi|151402287|gb|EV272100.1|EV272100
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgttagtcccc ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT
EST: gi|51334723|gb|CO978589.1|CO978589
EST:     GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATG                         ATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT
genomic: GCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgttagtcccc ... attgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgattcctgttgcatggttcttaaattgagtttgatcatattatattgtgtcagATGTGCTTTAATGCATTTGATAAAGCCGCCGACCTTGATGTCTTGGACCATCCCATTCTGAATTTTATATATTACCTG
                              gtttgat  putative branch site (score: 5)
                     ttaaattgagtttgat  TA-rich tract