1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...tgaacaagagtgagatcaaagatagacaacctgccagtgtttttatgtctttcttaccaatgaccttattttgattttttaatctgccaaaattttgaagATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGGAGATAAAGAGAATTACAACTGAAATTAAATTGCTATCTGAAGATGCTTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G43200.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACAAATGCAAAAGTGAAAAATGTGGTGGTTTCTTGCTTCGTACAACTG ATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGGEST: gi|51335372|gb|CO979238.1|CO979238
genomic: ATACAAATGCAAAAGTGAAAAATGTGGTGGTTTCTTGCTTCGTACAACTGgtacgtaacc ... aattttgaagATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGG
EST: ATACAAATGCAAAAGTGAAAAATGTGGTGGTTTCTTGCNNCGTACAACTG ATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGG
genomic: ATACAAATGCAAAAGTGAAAAATGTGGTGGTTTCTTGCTTCGTACAACTGgtacgtaacc ... aattttgaagATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGG
tgtctttcttaccaatgaccttattttgattttttaatctgccaaaattttgaagATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGGAGATAAAGAGAATTACAACTGAAATTAAATTGCTATCTGAAGATGCTTC
ttattttgatttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgaacaagagtgagatcaaagatagacaacctgccagtgtttttatgtctttcttaccaatgaccttattttgattttttaatctgccaaaattttgaagATGGGAAAGGATTCCAATGCCAAGGTTGTGGACTAATTAGGGACAAGGAGGAGATAAAGAGAATTACAACTGAAATTAAATTGCTATCTGAAGATGCTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - acctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgccaa