1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...caattgtaagtgtattttatcctctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttctttctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCGCCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G09180.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208079224|gb|GD874936.1|GD874936
genomic: AATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: TGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208283184|gb|GE079014.1|GE079014
genomic: TGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|207818086|gb|GD793099.1|GD793099
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGEST: gi|208096062|gb|GD895032.1|GD895032
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGCAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208127546|gb|GD924830.1|GD924830
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208203618|gb|GD996314.1|GD996314
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208151897|gb|GD947854.1|GD947854
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTGAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|193412132|gb|FK378105.1|FK378105
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|298176235|gb|HO015640.1|HO015640
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|208141534|gb|GD939082.1|GD939082
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGEST: gi|193628847|gb|FK577683.1|FK577683
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTEST: gi|207802354|gb|GD775586.1|GD775586
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
EST: AAGTATTGAGAATGGCATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGACGTTACAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGEST: gi|208069904|gb|GD870483.1|GD870483
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTG
EST: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGCAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTG GTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
genomic: AAGTATTGAGAATGGTATTGGTGTTGTAAAGCTAATGGGGCGTTATAGTGgtatgtatac ... atgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCT
aggatctggatctttttcttttctttctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCGCCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
tttttcttttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caattgtaagtgtattttatcctctaagtgcaccagttgcttttgaggatctggatctttttcttttctttctgtgttatgatgaatactatgactgcagGTTTTATTGCAATGTATGCCACTCTTGCTAGCAGAGACGTGGACTGTTGCTTGATTCCAGAGTCGCCCTTCTACCTTGAAGGAAAGGGTGGACTTTTTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - tgcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgctt