Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtccttgaactatgaatttaatttctgatacattgtgcataaaccttcatgtaatgcagtttttactggctggtatagctaattaatttgattcaatacttgacagATTCACAAAGTATTGCAGCGGGCAACTATGGACTGCAGTTCTCAAGTTGTGGCGATATTCCAGGTTTTAGAGACAACGGAATCACCACCTACCTATTTTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G03010.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G03010.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv18s0001g13410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gttcgtccttgaactatgaatttaatttctgatacattgtgcataaaccttcatgtaatgcagtttttactggctggtatagctaattaatttgattcaatacttgacagATTCACAAAGTATTGCAGCGGGCAACTATGGACTGCAGTTCTCAAGTTGTGGCGATATTCCAGGTTTTAGAGACAACGGAATCACCACCTACCTATTTTT
     | |||    | ||||||  | ||||      |    | | ||   | || | ||  | | || |     || | ||  ||   |  ||||||       |  ||||| || || | |||| ||| ||||||  | ||| |||  || ||| ||| ||| ||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| 
--gtattcttttcatgtgaatt--acttctcggttttcacac-tgaataattatattattaaatcttcatgaattgat-ta--tatgcatcttgatt-------tttcagATCCAAAATGCATTGAAGCAGGCAACCTTTGACAGCAACTCCCAACTTGGGGCCATATTTCAGGTTTTGCATACAAAGGAATCACCACCTACCTATTTTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatgcagtttttactggctggtatagctaattaatttgattcaatacttgacagATTCACAAAGTATTGCAGCGGGCAACTATGGACTGCAGTTCTCAAGTTGTGGCGATATTCCAGGTTTTAGAGACAACGGAATCACCACCTACCTATTTTT
                            taattaatttgattca  TA-rich tract