Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G02740.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
--------------gttgt-taaaaatgtctcttcactatatgaatgtctcc------ttttatagctctcac-cttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
|| | | ||| || ||| | || | | | | || || || || || | | | | | | || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||| | ||||| || |||||
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
--------------------------gttgttaaaaa--tgtctcttcactatatg----aatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
|||| || ||| | | ||| | || ||||| | || ||| | | | | | ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||| | ||||| || |||||
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatga-ctgcaa---agATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gttgttaaaaatgtct-cttcacta--tatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
||| | | ||| || || | | | ||| || |||| | || | | || || | || | ||| | ||| || ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| || | ||||
gttttaaggctcatctactacatttactcctcaagtccatattgatagtttatttctctaaacgattgaggtgtaactgta-----gATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcacct---tttgatgactgtgttgaatctgcac-cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
||| || || | | ||| | ||||| | | ||| ||||| | ||| ||| | || ||| | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||||| | || |||
gttatt----atctattttcctgttgtgaatttattgccatatt-ttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcacct---tttgatgactgtgttgaatctgcac-cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
||| || || | | ||| | ||||| | | ||| ||||| | ||| ||| | || ||| | |||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||| | || |||
gttatt----atctattttcctgttgtgaatttattgccatatt-ttctcagttagatttattgaatatgatgattttgcatgtttagATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
|| || | || || || || | || || | || |||| || | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | | || || || | ||||| | |||||
---------------------------------------gta-agatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
upper sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ06496 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
|| || | || || || || | || || | || |||| || | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | | || || || | ||||| | |||||
---------------------------------------gta-agatgcaacgttaggaccaccattttccatgagtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
ttttata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT