1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aaatccaatgttttttctccctataactcaacataaactgtttctacaccttgattgatgtaagagttagcacaaatgatgttcattactctccaaacagGTTCTTGATAAAGACATTGGGCAAGATAAGCGATTGGGAATAGCACAGTTACCCCTTATTGGTCTAGAAATACAAACTGAAAAGGAGATCGAATTGAGGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G02370.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATTCGAGTTGATTGCAGAAGACAAGGAGACCCAATCACTCATTCTTGAG GTTCTTGATAAAGACATTGGGCAAGATAAGCGATTGGGAATAGCACA
genomic: AATTCGAGTTGATTGCAGAAGACAAGGAGACCCAATCACTCATTCTTGAGgttttaccct ... ctccaaacagGTTCTTGATAAAGACATTGGGCAAGATAAGCGATTGGGAATAGCACA
acaccttgattgatgtaagagttagcacaaatgatgttcattactctccaaacagGTTCTTGATAAAGACATTGGGCAAGATAAGCGATTGGGAATAGCACAGTTACCCCTTATTGGTCTAGAAATACAAACTGAAAAGGAGATCGAATTGAGGC
gattgat putative branch site (score: 4)
ttactctcc putative PPT
aaatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatccaatgttttttctccctataactcaacataaactgtttctacaccttgattgatgtaagagttagcacaaatgatgttcattactctccaaacagGTTCTTGATAAAGACATTGGGCAAGATAAGCGATTGGGAATAGCACAGTTACCCCTTATTGGTCTAGAAATACAAACTGAAAAGGAGATCGAATTGAGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - ccaatgt
- - - - - - - ttctccc
- - - - - - - - - - - - - ctcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgtt