1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...atatatgttattgtggactgttaataagattgagaaagcttcagttattgtggttcaaaaatcaagaattaatgaaagaaattgaaatttatttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAGAGCAGCTGCAAAAGAAGCCAAGAAGCAGCTTCTATCATGGAGCAACTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G44000.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGG CTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAEST: gi|31462286|gb|CD404314.1|CD404314
genomic: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGGgtacgacata ... atttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
EST: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGG CTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAEST: gi|209726566|gb|BW666484.1|BW666484
genomic: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGGgtacgacata ... atttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
EST: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGG CTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAEST: gi|105634738|gb|DW247651.1|DW247651
genomic: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGGgtacgacata ... atttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
EST: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGG CTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAEST: gi|13252806|gb|BG363709.1|BG363709
genomic: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGGgtacgacata ... atttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
EST: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGG CTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
genomic: TCAAATCCTCAACAGTGAACACCACCAACAACGTGTTCTCTCTTCAAAGGgtacgacata ... atttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAA
tattgtggttcaaaaatcaagaattaatgaaagaaattgaaatttatttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAGAGCAGCTGCAAAAGAAGCCAAGAAGCAGCTTCTATCATGGAGCAACTT
aattaat putative branch site (score: 3)
tttattt putative PPT
aaaaatcaagaattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatatgttattgtggactgttaataagattgagaaagcttcagttattgtggttcaaaaatcaagaattaatgaaagaaattgaaatttatttgtgcagCTTCCGGTGAACCACCACTACTTCTAGCAGCTTCTGTTCACTGTGCAACAAGAGCAGCTGCAAAAGAAGCCAAGAAGCAGCTTCTATCATGGAGCAACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - -tgtggac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatcaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa