1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gttatgactctgatacaataactgccttttaaattcagtgtaaatctctttggtaggttttgttatatcactaacagtaactacgcggtaaattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTGGACAGTTGTAACGGAAGATGGAAGCCTTTCAGCACAGTTTGAACACAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G39200.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|51336069|gb|CO979935.1|CO979935
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|208284994|gb|GE082098.1|GE082098
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|31459515|gb|CD401543.1|CD401543
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|31306387|gb|CD391590.1|CD391590
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: AACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGTAATGACGACTEST: gi|31462284|gb|CD404312.1|CD404312
genomic: AACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|31458992|gb|CD401020.1|CD401020
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: TAGAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|51345228|gb|CO985961.1|CO985961
genomic: TAGAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|209710615|gb|BW676541.1|BW676541
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTEST: gi|51335002|gb|CO978868.1|CO978868
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
EST: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTG AACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
genomic: GAAACAATGAAAGTGGACGAATGGTGCTAAATCAAACCTTTACAATTGgtaattttag ... aattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACT
ctctttggtaggttttgttatatcactaacagtaactacgcggtaaattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTGGACAGTTGTAACGGAAGATGGAAGCCTTTCAGCACAGTTTGAACACAC
ttttgttatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttatgactctgatacaataactgccttttaaattcagtgtaaatctctttggtaggttttgttatatcactaacagtaactacgcggtaaattttacagAACCTATGCTGACTATTGGCAGCATCAATCCTGTGATGTGGAATGACGACTGGACAGTTGTAACGGAAGATGGAAGCCTTTCAGCACAGTTTGAACACAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - -ctgatac
- - - - - - - - - - -ctgcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttcagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cactaac