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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagatatataacttggatcttgctatttttggtaattagcctctgggatgctatttgcttaattaatgtgctaggtgtaatcacattttactcaacacttgtatgcttttactttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCAATCAGCCTTATTACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G35190.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7589585|gb|AW705356.1|AW705356
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
EST: gi|19938441|gb|BQ081721.1|BQ081721
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
EST: gi|26059828|gb|CA802742.1|CA802742
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
EST: gi|11274199|gb|BF324567.1|BF324567
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
EST: gi|192299757|gb|FG990052.1|FG990052
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGC
genomic: GG-CGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTT-GCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGC
EST: gi|298163466|gb|HO012199.1|HO012199
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
EST: gi|298178671|gb|HO024406.1|HO024406
EST:     GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAG                         CTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA
genomic: GGGCGGATGGACTCAAACTTGCAAGGGATATTAACTACCAGTTTCCACAGgttagatata ... ctttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgctaggtgtaatcacattttactcaacacttgtatgcttttactttctacagCTTGCCGGTGTGCATCTTTCTGCTTTAATTCCGTCTGCTAGTGATGATGCAATCAGCCTTATTACA
                                     tgcttttactttct  CT-rich tract
                                        ttttacttt  TA-rich tract