Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttttcttaatttcttctttgccttggtagtgtatgttctgtttgtatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G20670.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193413584|gb|FK375733.1|FK375733
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAG
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAG
EST: gi|254337504|gb|GR845181.1|GR845181
EST:     TTCCAAGCCTTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCC-TTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|31560965|gb|CD486803.1|CD486803
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254318902|gb|GR828738.1|GR828738
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|5508981|gb|AI855539.1|AI855539
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254337503|gb|GR845180.1|GR845180
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|57575208|gb|CX548183.1|CX548183
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|24135564|gb|BU926074.1|BU926074
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|23731238|gb|BU763731.1|BU763731
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254343685|gb|GR857441.1|GR857441
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|192311570|gb|FK003523.1|FK003523
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254341730|gb|GR852867.1|GR852867
EST:     TTCCAAGCCTTTACGCGCTATGGGACAGGCTAATCCACAAGATAT-GCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATT
genomic: TTCCAAGCCTT-ACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAA-ATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATT
EST: gi|37997193|gb|CF808782.1|CF808782
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|21888703|gb|BQ741916.1|BQ741916
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|207713398|gb|GD696767.1|GD696767
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAGTCCACAAATATTGCAG                         CCTGTGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|151395622|gb|EV265499.1|EV265499
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|192311571|gb|FK003524.1|FK003524
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|7146671|gb|AW508593.1|AW508593
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|254343686|gb|GR857442.1|GR857442
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
EST: gi|31305618|gb|CD390821.1|CD390821
EST:     TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAG                         CCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT
genomic: TTCCAAGCCTTACGCGCTATGGTACAGGCTAATCCACAAATATTGCAGgttttcttaa ... tttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttctgtttgtatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAG
                                           cgtttctt  CT-rich tract
      tttgtatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttcttaatttcttctttgccttggtagtgtatgttctgtttgtatattctcttcatcacagttccctgaattttgcgtttcttgcagCCTATGCTACAAGAGCTTGGCAAACAAAATCCTCATCTTATGCGATTGATTCAAGAGCATCAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG