Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatattcttcttccctaagttgaaatttatttgaatttgtctctgttatctaattaattgaatgtcttatttagGTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G30460.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193399461|gb|FK361351.1|FK361351
EST:     GCATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTG                         GTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC
genomic: GCATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTGgtatattctt ... tcttatttagGTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC
EST: gi|193608896|gb|FK566072.1|FK566072
EST:     ATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTG                         GTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC
genomic: ATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTGgtatattctt ... tcttatttagGTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC
EST: gi|193387375|gb|FK349600.1|FK349600
EST:     CTAGCAGAGGACCTTGGGACATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTG                         GTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC
genomic: CTAGCAGAGGACCTTGGGGCATTGCCGATATGGGTGTTTAACGCTGgtatattctt ... tcttatttagGTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaaatttatttgaatttgtctctgttatctaattaattgaatgtcttatttagGTTTCGGCCTTAATGATGAAATTGATACATCATCCATAGAATCCTATGTGCAA
                                aattaat  putative branch site (score: 3)
                                             tcttattt  putative PPT
                          ttatctaattaattga  TA-rich tract