Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcaatactgaacctactgctgtttatttttattttttttaataagcactgaacctactgttgttgaaggttatttagtgaattttctcattaattccttaattcaacctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATGCGTTTGGGCTATGTTTCAGATCCTTCTGAGATGGAATCTGTCATCTCCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G22520.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G22520.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv14s0171g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtatcaatactgaacctactgctgtttatttttattttttttaataagcactgaacctactgttgttgaaggttatttagtgaattttctcattaattccttaattcaacctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATGCGTTTGGGCTATGTTTCAGATCCTTCTGAGATGGAATCTGTCATCTCCT
                                ||   | |  |    ||||   || |  | || |     | |  || ||   ||| ||      ||| |||||  | || |  ||||||| | ||  || || ||||| |||||||| | ||| ||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |
-------------------------------gtacaatgtcaagcttgcac---actttatcttatcttgtgcttctttgt---tttccttg----ttctttaatgta-ccctgctgcagGTTTCTGTAGGAAAAGAAAGAGAAGCTGTTTCAGACATGCTCCCTTATCTGCGATTGGGCTATGTTTCAGATCCATCTGAGATGCAGTCTGTTATCTCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7639784|gb|AW734099.1|AW734099
EST:     AAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: AAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
EST: gi|10844807|gb|BF068009.1|BF068009
EST:     ATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: ATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
EST: gi|197661912|gb|FD480321.1|FD480321
EST:     AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGATGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
EST: gi|20815055|gb|BQ299533.1|BQ299533
EST:     AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAA
genomic: AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAA
EST: gi|21994328|gb|BQ785856.1|BQ785856
EST:     AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
EST: gi|207799528|gb|GD770039.1|GD770039
EST:     AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
EST: gi|19348347|gb|BM892879.1|BM892879
EST:     AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCAT                         GTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG
genomic: AAAGAATGGTGGCTCAAAGAAATGGAAAGTTATCAGTTCAAGTTTTTCATgtatcaatac ... ctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaaggttatttagtgaattttctcattaattccttaattcaacctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATGCGTTTGGGCTATGTTTCAGATCCTTCTGAGATGGAATCTGTCATCTCCT
                                            cctttgt  CT-rich tract
       ttatttagtgaatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcaatactgaacctactgctgtttatttttattttttttaataagcactgaacctactgttgttgaaggttatttagtgaattttctcattaattccttaattcaacctttgtgcagGTATATGCTGGGAAGGAAAGGGAAGCTGTCTTAGATATGCTTCGTTATATGCGTTTGGGCTATGTTTCAGATCCTTCTGAGATGGAATCTGTCATCTCCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA