Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtaattttatttgttttagtatttcattttattgctcctccaaaaccttccctctaatcacatgtgctttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
ggtaattttatttgttttag--tatttcattttattgctcctccaaaaccttccctct-------aatcacatgtgcttt-------gtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA-
 ||||| |||||| | |     ||| |  |||| ||   |    || |  ||||| ||         |   ||||  |||       |||||||||||||||  | || ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||   ||| ||||||| | 
-gtaatcttatttttctccacctatgttttttttttttccagtaaatattttcccacttttggttggtttgatgtattttttctttcgtttgttagGGGAGATATGCATCCAGCTCTATGGGGTTCTAAGGTAGGAAATAGCTGGAGAACTACTAATGACATTGCAGATACATGGGACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|192312271|gb|FK005275.1|FK005275
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|207792174|gb|GD765508.1|GD765508
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|208233662|gb|GE030913.1|GE030913
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
EST: gi|193388645|gb|FK357534.1|FK357534
EST:     TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAAT                         GGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA
genomic: TCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTTCTCACTATGTGAATggtaatttta ... ttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattttattgctcctccaaaaccttccctctaatcacatgtgctttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA
                            ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                           ctttgttt  putative PPT
                                            tttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtaattttatttgttttagtatttcattttattgctcctccaaaaccttccctctaatcacatgtgctttgtttgttaGGGGAGACTTACACCCAGCTCTATGGGGTGCTAAAGTGGGAAACAGCTGGAGAACTACCAATGACATTAATGATTCATGGGAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA