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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

tacgatacacacacctctaatatgtaaacggacactttcataatttcatttagttacttttttttcccttcttttaatgaaagcttatgcaattacacaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGAACTTCAACCTCCTAGAGACAGGTTCCCTTGCGTTGGCAATAATAGTCAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G43000.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193425751|gb|FK387378.1|FK387378
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|15001206|gb|BI322020.1|BI322020
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|120530398|gb|EH258531.1|EH258531
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTG
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTG
EST: gi|5126723|gb|AI748459.1|AI748459
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|208041498|gb|GD840344.1|GD840344
EST:     TTCATTGGGTGTTGTATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|6094836|gb|AW119450.1|AW119450
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|208102353|gb|GD897808.1|GD897808
EST:     TCATTGGGTGTTGCATTGGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATG-TTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TCATTGGGTGTTGCATT-GGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|208068157|gb|GD861891.1|GD861891
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193512048|gb|FK466796.1|FK466796
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|26048877|gb|CA785330.1|CA785330
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193462335|gb|FK426834.1|FK426834
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGG
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGG
EST: gi|6913524|gb|AW395054.1|AW395054
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193558285|gb|FK514138.1|FK514138
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193469973|gb|FK437314.1|FK437314
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193642808|gb|FK592834.1|FK592834
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193715677|gb|FK655868.1|FK655868
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCGACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|193448992|gb|FK414263.1|FK414263
EST:     TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
EST: gi|6952300|gb|AW424368.1|AW424368
EST:     TTCATTGAGTGTTGCATTGAGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTATGTGG                         TCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA
genomic: TTCATTGGGTGTTGCATTGGGTTCAGCAACTCAGATTGCCATGTTTGTGGtacgatacac ... acaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttacttttttttcccttcttttaatgaaagcttatgcaattacacaatataggTCCCATTATGTGTAATCGTTGCTTGGATAATGGGTATCGATATGGACCTGAACTTCAACCTCCTAGAGACAGGTTCCCTTGCGTTGGCAATAATAGTCAC
                    ttttaat  putative branch site (score: 3)
                 ttcttttaatgaaa  TA-rich tract