Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacctctagttcccgtgatatacgagtgaattgcttgattaaagaaatcataggttgtagaatattcactctgtacaccaaaaactttaatttcagagctaaagattttccattggccctcataagaatatacatgctttgtttgtttgacattatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGTGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCACATGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G10400.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7029773|gb|AW459556.1|AW459556
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: gi|6846188|gb|AW348478.1|AW348478
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: gi|10256299|gb|BE824065.1|BE824065
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: gi|13480955|gb|BG510298.1|BG510298
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: gi|7232371|gb|AW567728.1|AW567728
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
EST: gi|7147455|gb|AW509377.1|AW509377
EST:     GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGT                         GAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA
genomic: GCTGTCTGCCAGACATGTTAAGAGATGCTACTTTCAGCACTTGCCTTCGTgtaagtacct ... atttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaatatacatgctttgtttgtttgacattatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGTGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCACATGA
                                              tttattc  CT-rich tract
                                     ttgatttgatttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtacctctagttcccgtgatatacgagtgaattgcttgattaaagaaatcataggttgtagaatattcactctgtacaccaaaaactttaatttcagagctaaagattttccattggccctcataagaatatacatgctttgtttgtttgacattatctggtcttgatttgatttattcagGAAGACCCCACAACTAGGAGGTGGCTACAACAATTGCTTCACAATGTTGGAGTGAATCGGGTTCCTGCACTACAAGCTGGAGGAGGTTTCGATCACATGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG