1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...ttcttcatctattggattttggaaatgtgacttttatttgctattaaattcaaatctttctgcagtgacaatgctgaattattgactcaaattgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTACCTCTAGAAGATGTAGACTTCATAAATTCTGATGGGAAGACAATGAACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G10610.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAG GTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTAEST: gi|151393862|gb|EV263737.1|EV263737
genomic: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAGgtgagttctt ... attgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
EST: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGTAAG -TGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTAEST: gi|207736983|gb|GD709516.1|GD709516
genomic: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAGgtgagttctt ... attgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
EST: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAG GTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTAEST: gi|24205736|gb|BU964989.1|BU964989
genomic: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAGgtgagttctt ... attgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
EST: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAG GTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTAEST: gi|193349081|gb|FK315287.1|FK315287
genomic: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAGgtgagttctt ... attgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
EST: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAG GTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
genomic: TGGGTGCACTTTATATGGGCAACAAGCCAGTCCTTAAAGTTGATAGCAAGgtgagttctt ... attgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTA
aaattcaaatctttctgcagtgacaatgctgaattattgactcaaattgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTACCTCTAGAAGATGTAGACTTCATAAATTCTGATGGGAAGACAATGAACA
tattgac putative branch site (score: 2)
tgaattatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcttcatctattggattttggaaatgtgacttttatttgctattaaattcaaatctttctgcagtgacaatgctgaattattgactcaaattgttgtagGTGAGCATTGTTATGGAACAAATGTTGCGCCTGCTTCATACCTGTGGCTTACCTCTAGAAGATGTAGACTTCATAAATTCTGATGGGAAGACAATGAACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - ctattgg
- - - - - - - - - - - - - gtgactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgct