Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgctttttcattatgttatactggtgttagcaaaaaaaaaaaacaaacaaaaagaaaacactgtgctttaatttacaacttaaaatcaaaattcaattcttctaagttctatgaaatgacaagttttaagacatgcctttggtttattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCATATACAAAGAGTTAATTGCCGCGGGATTAAAAATATGGGTTTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G08090.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13562911|gb|BG551131.1|BG551131
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
EST: gi|298169437|gb|HO020797.1|HO020797
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
EST: gi|20813727|gb|BQ298205.1|BQ298205
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
EST: gi|13562841|gb|BG551061.1|BG551061
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
EST: gi|13482353|gb|BG511696.1|BG511696
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
EST: gi|13563072|gb|BG551292.1|BG551292
EST:     GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAG                         TGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT
genomic: GCAATGCATGCAAATGTTACCAACATTCCTTACAAATGGACTGCTTGCAGgtttgctttt ... tattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctaagttctatgaaatgacaagttttaagacatgcctttggtttattggacagTGATGTGCTCCTGAAAAATTGGAAGGATTCTGCAATTTCAGTGTTGCCCATATACAAAGAGTTAATTGCCGCGGGATTAAAAATATGGGTTTTCAG
                     aagttttaa  TA-rich tract