Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctgtgcattaatttgctttctacttatcatttttcttgaattctttttggagttgctcaagtcatctaatgattcaatatgttattcttgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGTTCAAACACAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17190.3
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16346702|gb|BI972297.1|BI972297
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|58019735|gb|CX706477.1|CX706477
EST:     GTGAAATGCCTTGCAGATGCT-G-TTTTTTATCAATGT                         AAAGGATGT-TCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTNTACAGTCAAGTTGT
genomic: GTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|151410996|gb|EV280811.1|EV280811
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|19053982|gb|BM732649.1|BM732649
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|21675217|gb|BQ627568.1|BQ627568
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|15814583|gb|BI786858.1|BI786858
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|14011702|gb|BG726624.1|BG726624
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|298194576|gb|HO043048.1|HO043048
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGG
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGG
EST: gi|19935349|gb|BQ080379.1|BQ080379
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|17519199|gb|BM188241.1|BM188241
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
EST: gi|23729995|gb|BU763106.1|BU763106
EST:     GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGNNNNNNNATCAATGT                         AAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT
genomic: GCAACAACTAAAGTGAAATGCCTTGCAGATGCTGGTTTTTTTATCAATGTgtaagctgtg ... tgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttggagttgctcaagtcatctaatgattcaatatgttattcttgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGTTCAAACACAT
                    atctaat  putative branch site (score: 3)
                                      ttattctt  putative PPT
                            attcaatatgttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctgtgcattaatttgctttctacttatcatttttcttgaattctttttggagttgctcaagtcatctaatgattcaatatgttattcttgtacaacagAAAGGATGTCTCTGGAGCACAGCGCATTGAAGAGTTCTACAGTCAAGTTGTTCAAACACAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA